W przypadku przechowywania dużej ilości obiektów archiwalnych wzrasta ryzyko namnażania się drobnoustrojów. W związku z tym w magazynach archiwalnych mogą występować mikroorganizmy w postaci komórek bakterii, drożdży, promieniowców czy zarodników grzybni. Najczęściej unoszą się one w powietrzu z cząsteczkami kurzu i pyłu, często są przenoszone bezpośrednio np. na odzieży i skórze ludzkiej, a także wegetują na roślinach doniczkowych.

Szczególnie intensywny wzrost mikroflory występuje w wypadku zalania archiwum w wyniku awarii wodociągowych, nasiąkania murów wodą gruntową, powodzi czy pożaru, do gaszenia którego użyto wody, gdy dochodzi do długotrwałego zamoczenia lub zawilgocenia akt, i związanej z tym wilgoci w archiwum, wyposażenia magazynów czy elementów konstrukcji.

Występujące w magazynach archiwalnych grzyby rozmnażają się z zarodników lub strzępków grzybni, ich przetrwanie uzależnione jest od odporności danego gatunku na wysuszenie. Obecność grzybów w magazynie można rozpoznać po charakterystycznym zapachu stęchlizny oraz przebarwieniach i nalotach na zawilgoconych zbiorach, ścianach, drewnianych regałach, i innych elementach wyposażenia magazynów.

Większość grzybów rozwija się w zakresie temperatury 150C-400C, optymalny wzrost wykazują w temperaturze 200C-280C. Jednak spotykane często w magazynach archiwalnych grzyby Cladosporium herbarium są zdolne do powolnego wzrostu w temperaturze – 60C, natomiast Aspergillus flavus rozwija się nawet w temperaturze 350C. Najbardziej sprzyjająca ich rozwojowi jest wilgotność przekraczająca 60%. Także ich tolerancja na pH środowiska jest stosunkowo duża i waha się w granicach 3,5 do 8,5.

W magazynach archiwalnych najczęściej spotykamy saprofity, zwane grzybami oportunistycznymi, czyli warunkowo chorobotwórczych. Większość zakażeń nie powoduje poważnego zagrożenia dla zdrowia, przede wszystkim dzięki wrodzonym lub nabytym mechanizmom obronnym człowieka. Oportunistyczne zakażenia grzybicze występują przeważnie u osób osłabionych lub mających obniżoną odporność. Rozwojowi zakażeń sprzyja także długie stosowanie antybiotyków lub innych leków przeciwbakteryjnych, leki immunosupresyjne, kortykosteroidy, cytostatyki, radioterapia, choroby wyniszczające organizm, jak alkoholizm czy AIDS. Wzrost grzybów oportunistycznych w organizmie ludzkim powoduje różne schorzenia endokrynologiczne, białaczki, nowotwory złośliwe, zakażenia bakteryjne, wirusowe lub pasożytnicze, choroby układu oddechowego i pokarmowego. Natomiast zakażenia grzybicze mogą dotyczyć układu oddechowego, błon śluzowych, włosów i paznokci. Kontakt z grzybami może stwarzać trzy podstawowe grupy zagrożeń dla ludzi:
1. Choroby infekcyjne – grzybice.
2. Alergie grzybowe.
3. Mikotoksykozy.

Natomiast większość grzybów drożdzopodobnych najszybciej rozmnaża się w temperaturze 250C – 280C, jednak istnieją gatunki, dla których optymalna temperatura wynosi 200C lub 350C. Drożdże u ludzi występują jako saprofity na skórze, w jamie nosowo-gardłowej oraz w przewodzie pokarmowym, i mogą być w wypadku antybiotykoterapii, cukrzycy, czy zaburzeń odporności, patogenne. Obok zakażeń skóry i błon śluzowych patogeny mogą powodować u osób wyniszczonych ostre albo przewlekłe grzybice głębokie. Uczulenie na drożdże odgrywa także istotną rolę w pokrzywce i wyprysku potnicowym dłoni i stóp.

Ponieważ papier przeważnie ma odczyn kwaśny, bakterie natomiast lepiej rozwijają się w środowisku o odczynie obojętnym lub lekko alkalicznym oraz wymagają wilgotności powyżej 60%, w archiwach rzadziej mamy do czynienia z bakteryjnymi zakażeniami dokumentów. Natomiast w przypadku powodzi, gdy zbiory zostają zalane wodą pochodzenia ściekowego, możemy mieć do czynienia z potencjalnym zagrożeniem epidemiologicznym.

W celu uniknięcia wymienionych zagrożeń należy stosować się do kilku zasad:
1. Pomieszczenia magazynowe należy utrzymywać w czystości i odkażać w miarę potrzeby.
2. Wskazana jest odzież ochronna i maseczki.
3. Należy często myć ręce.
4. Posiłki powinny być spożywane w wydzielonym pomieszczeniu.
5. Należy zadbać o stałe zaopatrzenie w środki dezynfekcyjne.

Źródło: Książek Jadwiga, Oddziaływanie mikroflory bytującej w materiałach archiwalnych na organizm ludzki, w: Archiwista Polski, Nr I, wyd. Stowarzyszenie Archiwistów Polskich, Bydgoszcz 2007, ss. 43-51