Kancelarie tajne tworzone są w jednostkach organizacyjnych przetwarzających informacje niejawne o klauzuli "tajne" lub "ściśle tajne". Kierownik danej jednostki organizacyjnej może wyrazić zgodę na przetwarzanie w kancelariach tajnych także informacji niejawnych posiadających klauzulę "poufne" lub "zastrzeżone".
Kancelarie tajne tworzone są w jednostkach organizacyjnych przetwarzających informacje niejawne o klauzuli „tajne” lub „ściśle tajne”. Kierownik danej jednostki organizacyjnej może wyrazić zgodę na przetwarzanie w kancelariach tajnych także informacji niejawnych posiadających klauzulę „poufne” lub „zastrzeżone”. Jeśli zachodzi taka konieczność, kierownik danej jednostki organizacyjnej może utworzyć kilka kancelarii tajnych. Za zgodą ABW lub SKW można także utworzyć jedną kancelarię tajną obsługującą dwie lub więcej jednostek organizacyjnych. Wówczas ich miejsce w strukturze, personel oraz zasady finansowania określa kierownik właściwej komórki organizacyjnej. Kancelarie tajne stanowią wyodrębnione komórki organizacyjne podlegające pełnomocnikowi ds. ochrony informacji niejawnych, których zadaniem jest rejestrowanie, przechowywanie, obieg i wydawanie materiałów zawierających informacje niejawne uprawnionym osobom. Obowiązkiem kierownika jednostki organizacyjnej jest również poinformowanie o utworzeniu bądź likwidacji kancelarii tajnej ABW lub SKW z podaniem klauzuli tajności przetwarzanych w niej informacji.
Praca kancelarii tajnej powinna zostać zorganizowana w sposób umożliwiający ustalenie niezależnie od okoliczności miejsca przechowywania materiałów tajnych lub ściśle tajnych oraz zasad dostępu do nich. Taka sama organizacja pracy obowiązuje także wszystkie inne komórki organizacyjne rejestrujące materiały poufne. Sposób i tryb przetwarzania informacji poufnych i zastrzeżonych opracowany przez pełnomocnika ds. informacji niejawnych zatwierdza kierownik danej jednostki organizacyjnej. Na tym samym poziomie zarządzania zatwierdzana jest dokumentacja określająca poziom zagrożeń związanych z nieuprawnionym dostępem lub utratą informacji niejawnych o klauzuli „poufne” lub wyższej.
W jednostkach organizacyjnych przetwarzających informacje niejawne muszą zostać wprowadzone środki bezpieczeństwa fizycznego, których zakres jest uzależniony od poziomu zagrożeń związanych z nieuprawnionym dostępem do informacji niejawnych bądź ich utratą. Sposób i tryb przetwarzania informacji niejawnych oraz dobór i stosowanie środków bezpieczeństwa fizycznego w kluczowych dla funkcjonowania państwa instytucjach określa się na szczeblu ministerialnym. Archiwa Państwowe stosują się w tym zakresie do zarządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Natomiast warunki przewożenia dokumentów zawierających informacje niejawne określa Prezes Rady Ministrów.
Zasady tworzenia i organizacji kancelarii tajnych szczegółowo określa rozdział VII Ustawy o ochronie informacji niejawnych (Dz.U. z 2010, Nr 182, poz. 1228).
