Porządkowanie akt polega na ułożeniu ich wewnątrz teczek w porządku przewidzianym w instrukcji kancelaryjnej oraz właściwym opisaniu teczek, a następnie ułożeniu ich w porządku ustalonym wykazem akt, przy czym akta kat. A należy dodatkowo przesznurować, ponumerować strony, a na okładce teczki wypisać kategorię i liczbę zawartych w teczce stron.
Przystępując do porządkowania akt należy przeprowadzić, mające na celu określenie stanu zachowania zespołu, systemu kancelaryjnego, według którego powstał, oraz sposobu jego systematyzowania i przechowywania, rozważania wstępne nad zespołem. Należy także zebrać materiały pomocnicze, do których należą podstawowe akty prawne, na podstawie których powstał zakład pracy i określono jego organizację, nadano statut organizacyjny, podział czynności, instrukcję kancelaryjną oraz wykaz akt. W przypadku, gdy zebrane materiały zawierają niedostateczne informacje o porządkowanych aktach, należy sięgnąć do drukowanych sprawozdań lub artykułów o danym zakładzie pracy, a nawet zebrać informacje ustne od osób, które znają historię zakładu pracy, a tym samym historię akt. Jeżeli akta znajdują się w teczkach lub segregatorach, bądź też są to oprawne księgi, należy w celu przywrócenia ich pierwotnego układu ustalić, czy obok stempli kancelarii znajdują się na nich sygnatury. W odniesieniu do akt znajdujących się w nieładzie, przemieszanych i źle zachowanych, przedmiotem badania nie są jednostki archiwalne, ale poszczególne pisma, które należy powiązać z innymi pismami w grupy spraw, a następnie w grupy rzeczowe.
Pierwszą czynnością porządkowania akt jest rozpoznanie ich przynależności do zespołu w celu ich podziału, przy czym każdy zespół porządkuje się oddzielnie. Przynależność akt do zespołu rozpoznaje się na podstawie ich cech zewnętrznych, do których zalicza się opis teczki, pieczątka wpływu pism, cechy rejestracji pism, znak akt, rodzaj pism oraz podpisy lub parafy kierownika, a także cech wewnętrznych, przez co rozumie się przede wszystkim treść akt.
Następnie przeprowadzamy segregację akt w zespole, która w przypadku akt narastających w poszczególnych komórkach organizacyjnych ma na celu ich podział według struktury organizacyjnej zakładu pracy obowiązującej w okresie, z którego pochodzą porządkowane akta. W sytuacji, gdy część zespołu jest przemieszana, przeprowadzamy najpierw segregację jednostek w dobrym stanie, posiadających wyraźny znak akt, a dopiero następnie rozsypu.
W celu uporządkowania rozsypu należy porównać poszczególne pozycje wykazu akt z posegregowanymi już teczkami w dobrym stanie, co jednak jest możliwe jedynie wówczas, gdy porządkowane akta pochodzą z okresu, w którym był on stosowany. W przypadku nie zachowania się znaków kancelaryjnych należy skorzystać z podziału czynności komórek organizacyjnych obowiązującego w okresie, z którego pochodzą akta będące przedmiotem segregacji. W wyniku tych czynności nastąpi rozdzielenie wszystkich akt z rozsypu według poszczególnych akt spraw oraz połączenie ich w jednostki archiwalne tj. teczki noszące odpowiednie do ich zawartości tytuły.
Podczas segregacji wydzielamy także akta manipulacyjne, które są przekazywane na makulaturę bezpośrednio z komórek organizacyjnych, jednak za wiedzą i zgodą archiwum zakładowego.
Kolejną czynnością porządkowania akt jest ich systematyzacja w wyodrębnionych grupach akt zespołu, której celem jest odtworzenie układu pierwotnego. Systematyzacja akt w zespole oznacza ustalenie ich miejsca w konkretnej grupie, a w obrębie grupy ułożenie ich według zagadnień i akt spraw. Pomocą tutaj służyć powinna znajomość wykazu akt i systemu kancelaryjnego stosowanego w okresie, w którym powstały porządkowane akta. Natomiast jeżeli porządkowane akta pochodzą z okresu, w którym zakład pracy nie posiadał wykazu akt, w związku z czym akta nie mają znaków świadczących o ich jednolitym sygnowaniu, a w poszczególnych teczkach brakuje spisów spraw, jedyną pomocą przy systematyzacji jest dobra znajomość struktury organizacyjnej zakładu pracy oraz podział czynności w poszczególnych komórkach. Należy wówczas zastosować tzw. metodę rekonstrukcji układu akt w oparciu o ich podział według struktury organizacyjnej zakładu pracy, a w obrębie komórek organizacyjnych według zagadnień.
Ostatnią czynnością porządkowania jest sprawdzenie porządku i układu w obrębie każdej jednostki, przy czym najpierw należy kompletować akta poszczególnych spraw, a w odniesieniu do akt kat. A pamiętać o chronologicznym układzie pism w obrębie danej sprawy. Również komplety poszczególnych spraw należy układać chronologicznie według kolejności ich narastania w teczce. Układ spraw w teczce sprawdzamy za pomocą spisu spraw, a w przypadku jego braku kierujemy się znakami akt.
Dla uporządkowanych akt należy sporządzić, wypełniając wszystkie rubryki, spis zdawczo-odbiorczy. Po sporządzeniu spisu należy umieścić akta na półkach magazynowych w kolejności sygnatur.
Na zakończenie wypada wspomnieć, że obecnie sprawy związane z porządkowaniem dokumentacji reguluje Rozporządzenie Ministra Kultury z 16 września 2002 r. w sprawie postępowania z dokumentacją, zasad jej klasyfikowania i kwalifikowania, oraz zasad i trybu przekazywania materiałów archiwalnych do archiwów państwowych.
