Brakowanie dokumentacji niearchiwalnej polega na ocenie jej przydatności do celów praktycznych, wydzieleniu dokumentacji nieprzydatnej i przekazaniu jej na makulaturę. Zgoda na brakowanie dokumentacji niearchiwalnej może być jednorazowa lub generalna.

Jednorazową zgodę wyraża dyrektor miejscowo właściwego archiwum państwowego, natomiast zgodę generalną Naczelny Dyrektor Archiwów Państwowych. Do wniosku o zgodę jednorazową dołącza się protokół oceny dokumentacji niearchiwalnej oraz spis tejże dokumentacji przeznaczonej na makulaturę lub do zniszczenia. Natomiast generalna zgoda na brakowanie dokumentacji niearchiwalnej może zostać wydana jedynie w przypadku organów lub jednostek organizacyjnych posiadających archiwa zakładowe, w których materiały archiwalne zostały uporządkowane zgodnie z instrukcją kancelaryjną. Wniosek o wyrażenie zgody generalnej na brakowanie dokumentacji niearchiwalnej powinien zawierać uzasadnienie potrzeby uzyskania takiej zgody, a zwłaszcza stwierdzenie prawidłowego uporządkowania materiałów archiwalnych oraz określenie rodzajów dokumentacji niearchiwalnej podlegającej brakowaniu w ramach uzyskanej zgody.

Wniosek o przekazanie wybrakowanej dokumentacji niearchiwalnej na makulaturę przedstawia archiwum państwowemu kierownik danej jednostki organizacyjnej jako wynik oceny dokonanej przez członków komisji brakowania. W przypadku trudności w ocenie brakowanej dokumentacji, organ lub kierownik jednostki organizacyjnej powinien zwrócić się do miejscowo właściwego archiwum państwowego o przeprowadzenie ekspertyzy.

Do wniosku należy dołączyć spis dokumentów przeznaczonych do zniszczenia lub na makulaturę oraz protokół oceny dokumentacji niearchiwalnej. Protokół oraz spis dokumentacji niearchiwalnej sporządza komisja powołana przez organ lub kierownika jednostki organizacyjnej , w której skład wchodzi kierownik komórki organizacyjnej której podlega archiwum zakładowe, osoba kierująca lub prowadząca archiwum, oraz przedstawiciele komórek organizacyjnych których dokumentacja podlega brakowaniu. Spis dokumentacji niearchiwalnej przeznaczonej na makulaturę podpisują członkowie komisji brakowania oraz kierownik danej jednostki organizacyjnej. Archiwum państwowe po zapoznaniu się z wnioskiem i zbadaniu dokumentacji w archiwum zakładowym, może w przypadku stwierdzenia niewłaściwego brakowania lub wadliwego sporządzenia spisu , zgłosić zastrzeżenia i zażądać zmiany kwalifikacji archiwalnej. Dopiero po wypełnieniu wszystkich zaleceń, archiwum państwowe wydaje w trzech egzemplarzach zezwolenie na przekazanie dokumentacji niearchiwalnej na przemiał. Jeden egzemplarz zezwolenia pozostaje w archiwum państwowym, drugi jako dowód jest przechowywany w archiwum zakładowym, a trzeci przekazuje się zbiornicy makulatury wraz z dokumentacją przeznaczoną do zniszczenia.

Współcześnie kwestie związane z przekazywaniem dokumentacji niearchiwalnej na makulaturę lub zniszczenie reguluje Rozporządzenie Ministra Kultury z 16 września 2002 r. w sprawie postępowania z dokumentacją, zasad jej klasyfikowania i kwalifikowania oraz zasad i trybu przekazywania materiałów archiwalnych do archiwów państwowych (Dz. U. z 2002 r. Nr 167, poz. 1375). Natomiast w przypadku dokumentacji elektronicznej, z którą w dobie informatyzacji mamy coraz więcej do czynienia, zastosowanie znajduje Rozporządzenie Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 30 października 2006 r. w sprawie szczegółowego sposobu postępowania z dokumentami elektronicznymi (Dz. U. z 2006 r. Nr 2006, poz. 1518). W odniesieniu do dokumentacji sądowej, komorniczej, oraz dokumentacji medycznej zastosowanie mają odrębne, resortowe przepisy.